MolPlay: Democratizing Interactive Molecular Simulations and Analyses with a Portable, Turnkey Platform
Résumé
Interactive molecular simulations and analyses (IMSA) hold immense potential for accelerating research and improving education, but are only used to a limited extent. This paper explores the possibilities of these powerful techniques and presents a taxonomy of common interactive modeling tasks, such as assembly, deformation, sampling of rare events, along with relevant use cases, especially for the study of membranes and membrane proteins. I introduce MolPlay -a bootable USB platform that provides a turnkey environment with a curated set of hands-on examples to democratize access to IMSA research tools. The portable, self-contained nature of MolPlay enables versatile deployment scenarios ranging from outreach to teaching in computer labs to facilitating the distribution of research software. Initial tests at an international workshop have shown that MolPlay appeals to different target groups and lowers the access barriers to IMSA.
By consolidating more than a decade of expertise into one accessible platform, MolPlay represents a significant step towards broader adoption of these underutilized but powerful computational techniques in education and research.
Les simulations et analyses moléculaires interactives (IMSA) recèlent un immense potentiel pour accélérer la recherche et améliorer l'éducation, mais ne sont utilisées que de manière très limitée. Cet article explore les possibilités de ces techniques puissantes et présente une taxonomie des tâches de modélisation interactive courantes, telles que l'assemblage, la déformation, l'échantillonnage d'événements rares, ainsi que des cas d'utilisation pertinents, en particulier pour l'étude des membranes et des protéines membranaires. Je présente MolPlay - une plateforme USB amorçable qui offre un environnement clé en main avec un ensemble d'exemples pratiques sélectionnés pour démocratiser l'accès aux outils de recherche IMSA. La nature portable et autonome de MolPlay permet des scénarios de déploiement polyvalents, allant de la sensibilisation à l'enseignement dans les ateliers pratiques jusqu'à faciliter la distribution de logiciels de recherche. Des tests initiaux lors d'un atelier international ont montré que MolPlay séduit différents groupes cibles et abaisse les barrières d'accès à l'IMSA.
En consolidant plus d'une décennie d'expertise dans une plateforme accessible, MolPlay représente une étape significative vers une adoption plus large de ces techniques computationnelles sous-utilisées mais puissantes dans l'éducation et la recherche.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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